Arrêt de travail apprenti : droits, indemnisation et démarches au CFA
Pendant un arrêt de travail, le contrat d’apprentissage est suspendu et l’apprenti perçoit des IJSS.
- Aucun salaire versé par l’employeur durant l’arrêt
- 150 heures travaillées sur 3 mois pour ouvrir les droits
- Seuil alternatif de 600 heures pour bénéficier des IJ
- Arrêt à transmettre à l’employeur sous 48 heures
- Maintien de salaire possible selon la convention collective
- Prévenir l’employeur et le CFA dès l’absence connue
Conséquences sur le salaire et l’indemnisation (IJSS, maintien)
Comment est indemnisé l’apprenti pendant son arrêt de travail
- Contrat suspendu : l’apprenti n’exécute plus sa prestation de travail
- Salaire non versé par l’employeur pour toute la période d’arrêt
- IJSS versées par la CPAM ou la MSA selon la caisse de rattachement
- 150 heures travaillées minimum sur les 3 derniers mois pour ouvrir le droit aux IJ
- 600 heures : seuil alternatif permettant aussi de bénéficier des IJ
- Droits identiques au salarié : l’alternant reste un salarié à part entière
Pendant un arrêt maladie, le contrat d’apprentissage est suspendu. Concrètement, aucun salaire n’est versé par l’employeur, mais l’apprenti peut percevoir des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) versées par la CPAM ou la MSA. Ces indemnités sont soumises à conditions : il faut justifier d’au moins 150 heures travaillées sur les 3 derniers mois, ou à défaut atteindre le seuil de 600 heures.
Le montant et la durée de versement des IJSS varient selon la durée de l’arrêt et la caisse concernée. Pour un arrêt court d’environ 2 semaines, couvrant une semaine en entreprise et une semaine au CFA, l’apprenti perçoit généralement les IJSS à partir du 4e jour d’arrêt, avec un décompte propre à chaque caisse.
Maintien de salaire et articulation avec l’employeur
En tant que salarié, l’apprenti peut bénéficier d’un maintien de salaire par son employeur, selon les dispositions de la convention collective applicable et son ancienneté dans l’entreprise. Le complément employeur vient alors s’ajouter aux IJSS pour garantir un pourcentage du salaire brut.
Pour activer ce maintien, l’apprenti doit transmettre son arrêt de travail à l’employeur dans les 48 heures. À défaut, l’employeur peut légitimement refuser le complément et l’absence devient non justifiée. En pratique, la CPAM verse sa part directement, puis l’employeur ajuste le complément sur la fiche de paie.
Démarches à suivre (CPAM, employeur, CFA, délais)

Un arrêt de travail pour un apprenti impose une série d’étapes précises, car il faut informer à la fois l’entreprise et le centre de formation. Voici les démarches à effectuer, dans l’ordre, pour que l’absence soit justifiée et que l’indemnisation puisse se mettre en place.
- Prévenir l’employeur et le CFA dès que l’absence est connue, par téléphone puis par écrit.
- Consulter un médecin rapidement pour obtenir un arrêt de travail en bonne et due forme.
- Récupérer l’arrêt en double exemplaire : un volet pour l’employeur, un volet pour la caisse d’assurance maladie.
- Transmettre l’arrêt sous 48 heures à l’employeur et au centre de formation.
- Adapter la démarche si l’arrêt survient en semaine CFA : prévenir l’établissement pour justifier l’absence en cours.
- Faire autoriser le suivi des cours par le médecin conseil, et non par le seul médecin traitant.
Ces démarches pèsent aussi sur l'employeur, qui doit déclarer l'apprenti pour percevoir l'aide de l'État à l'apprentissage et en vérifier les conditions.
Quel volet transmettre à qui et dans quel délai
Le médecin remet généralement un arrêt en double exemplaire. Le premier volet est destiné à l’employeur, le second à la CPAM ou à la MSA selon le régime de l’entreprise. Le délai de 48 heures court à partir de la date de l’arrêt : mieux vaut envoyer les documents sans attendre, car un retard peut compliquer l’ouverture des indemnités. Pensez à conserver une copie de chaque envoi.
Si l’arrêt tombe pendant une semaine au CFA
L’apprenti doit prévenir le centre de formation en parallèle de l’employeur. L’établissement pourra alors justifier l’absence et éviter qu’elle soit comptée comme non justifiée. Le CFA est également le bon interlocuteur pour toute question sur le suivi des cours ou un éventuel report d’examen pendant la période d’arrêt.
Cours et examens pendant l’arrêt maladie
Le temps passé au CFA est assimilé à du temps de travail : un arrêt de travail vous dispense donc d’assister aux cours, au même titre que vos journées en entreprise. Vous devez néanmoins informer votre centre de formation dès que possible, en transmettant le volet qui lui est destiné, afin de justifier votre absence. Sur une semaine d’arrêt type, cela peut concerner plusieurs jours de cours.
Attention : c’est le médecin conseil qui autorise, le cas échéant, la poursuite des cours théoriques pendant l’arrêt, et non votre médecin traitant. Ce dernier peut simplement préciser votre aptitude à suivre les enseignements en salle. sans que cela suffise à vous y autoriser. En cas de doute, contactez votre référent au CFA avant de reprendre les cours.
Si un examen tombe pendant votre arrêt, ne vous présentez pas de vous-même : contactez le CFA pour demander un report de l’épreuve. Le centre de formation vous indiquera la procédure et les justificatifs à fournir. Anticipez au maximum, car l’organisation d’un report dépend des délais de traitement du centre.
Protection du contrat et risque de licenciement
Pendant un arrêt de travail, le contrat d’apprentissage est suspendu et non rompu. L’employeur ne peut pas vous licencier en raison de votre état de santé ou de votre absence justifiée par un arrêt médical. Cette suspension protège votre statut et votre rémunération future dès lors que les démarches sont accomplies dans les règles.
En revanche, des absences répétées ou une absence non justifiée peuvent fragiliser votre contrat. Une absence sans justificatif expose à une retenue sur salaire, et des manquements répétés peuvent mener à une rupture du contrat d’apprentissage. La régularité des justificatifs transmis à l’employeur et au CFA est donc votre meilleure protection.
À noter que la période d’essai de l’apprenti est de 45 jours : durant cette phase, la rupture reste possible dans les conditions prévues, indépendamment d’un arrêt maladie. Au-delà, seul un motif sérieux, étranger à l’état de santé, peut justifier une procédure de rupture.
Cas particuliers (mineurs, congés, prolongation contrat)
- Arrêt pendant les congés : un arrêt maladie survenu pendant les congés payés suspend leur déroulement.
- Report des jours : les jours de congés non pris à cause de l’arrêt sont reportés à une date ultérieure.
- Notification à l’employeur : le report des congés suppose d’informer l’employeur et de justifier l’arrêt.
- Apprenti mineur : les indemnités journalières de la CPAM ou de la MSA lui sont également versées.
- Période d’essai de 45 jours : elle suit des règles spécifiques pendant un arrêt, notamment sa prolongation.
- Règles propres aux mineurs : la durée légale du travail et le suivi médical obéissent à un cadre renforcé.
Un arrêt qui tombe pendant les vacances ne fait pas perdre les jours de repos. Le contrat étant suspendu, les congés payés déjà programmés sont décalés, à condition d’en informer l’employeur et de transmettre le justificatif médical. Les jours non pris sont alors reportés après la reprise.
Pour l’apprenti mineur, les indemnités journalières restent accessibles, sous réserve des mêmes conditions que pour un adulte, dont 150 heures travaillées sur les trois derniers mois ou 600 heures sur l’année. Le suivi médical et les durées de travail obéissent toutefois à un cadre protecteur spécifique.
Enfin, la période d’essai de 45 jours peut être prolongée lorsque l’arrêt maladie empêche l’apprenti d’exercer. L’employeur et le CFA doivent être informés, et le médecin conseil peut se prononcer sur une éventuelle reprise anticipée des cours théoriques.
Statut de l’apprenti (salarié + étudiant, cadre légal)
L’apprenti occupe une double position juridique : il est à la fois salarié de son entreprise et étudiant au CFA. Son contrat d’apprentissage est un contrat de travail particulier, encadré par le Code du travail, qui prévoit des droits et des obligations spécifiques à ce statut hybride. Sa rémunération est versée par l’employeur, qui bénéficie d’aides publiques pour l’accueillir.
Le temps passé au centre de formation est assimilé à du temps de travail effectif. Cette règle est essentielle : elle protège l’apprenti en cas d’accident pendant les cours et confirme que le CFA fait partie intégrante de son parcours professionnel. L’employeur reste responsable de l’apprenti pendant les périodes de formation, comme s’il était à son poste.
Cette double tutelle implique une coordination permanente entre le maître d’apprentissage et le CFA, notamment lors des absences ou des arrêts. L’apprenti doit informer les deux parties de toute situation affectant sa présence en entreprise ou en formation, sous peine de complications administratives.
